吕雪梅  女  博导  中国科学院北京基因组研究所
电子邮件: luxm@big.ac.cn
通信地址: 北京市朝阳区北辰西路1号院104号楼
邮政编码: 100101

研究领域

复杂性状和肿瘤的进化基因组学

招生信息

博士生、硕士生

招生专业
071022-基因组学
071021-生物信息学
071007-遗传学
招生方向
进化基因组学
肿瘤基因组学
分子进化

教育背景

1997-09--2000-06   中国科学院昆明动物研究所   博士
1994-09--1997-06   华南农业大学   硕士
学历

研究生

学位

博士

工作经历

   
工作简历
2009-06~现在, 中国科学院北京基因组研究所, 研究员
2005-09~2009-05,中山大学, 副教授
2003-09~2005-07,美国芝加哥大学, 博士后
2002-01~2003-07,美国圣地亚哥野生动物协会濒危动物保护研究中心, 研究助理
2000-07~2001-10,中国科学院昆明动物研究所, 助理研究员

教授课程

群体遗传与分子进化
人类基因组学研究-进展与应用
进化生物学
基因组学前沿

专利与奖励

   
奖励信息
   
专利成果
( 1 ) 用于恶性肿瘤治疗的组合物及其应用, 发明, 2013, 第 5 作者, 专利号: ZL201210046682.0
( 2 ) 筛选肿瘤早期诊断靶标的Small RNA-seq库的构建方法, 发明, 2013, 第 4 作者, 专利号: ZL201210041472.2
( 3 ) 一种字符串匹配的方法及装置, 发明, 2015, 第 2 作者, 专利号: ZL201210013304.2
( 4 ) 以痕量DNA为基础的二代测序文库构建方法, 发明, 2016, 第 4 作者, 专利号: ZL201410158326.7
( 5 ) 测序文库及其制备和应用, 发明, 2017, 第 3 作者, 专利号: ZL201310651462.5

出版信息

   
发表论文
(1) A direct test of selection in cell populations using the diversity in gene expression within tumors, Molecular Biology and Evolution, 2017, 通讯作者
(2) Free-living human cells reconfigure their chromosomes in the evolution 1 back to uni-cellularity, eLife, 2017, 通讯作者
(3) Genomic sequencing identifies a few mutations driving the independent origin of primary liver tumors in a chronic hepatitis murine model, Plos one, 2017, 通讯作者
(4) Ultrasensitive and high-efficiency screen of de novo low-frequency mutations by o2n-seq, Nature communications, 2017, 第 5 作者
(5) De novo assembly of highly polymorphic metagenomic data using in situ generated reference sequences and a novel BLAST-based assembly pipeline, BMC bioinformatics, 2017, 第 4 作者
(6) Transcriptome sequencing reveals genetic mechanisms underlying the transition between the laying and brooding phases and gene expression changes associated with divergent reproductive phenotypes in chickens, Molecular Biology Reports, 2016, 通讯作者
(7) Ultra-precise detection of mutations by droplet-based amplification of circularized DNA, BMC Genomics, 2016, 第 5 作者
(8) Using ultra-sensitive next generation sequencing to dissect DNA damage-induced mutagenesis, Scientific Reports, 2016, 第 7 作者
(9) The Ecology and Evolution of Cancer – The ultra-microevolutionary process, Annual Review of Genetics, 2016, 通讯作者
(10) Functional conservation of both CDS- and 3’UTR- located miRNA binding sites between species, Molecular biology and evolution, 2015, 通讯作者
(11) siRNAs with decreased off-target effect facilitate the identification of essential genes in cancer cells, Oncotarget, 2015, 通讯作者
(12) Age-related immune clearance of hepatitis B virusinfection requires the establishment of gut microbiota, Proc Natl Acad Sci U S A, 2015, 第 10 作者
(13) New insights into the evolutionary rate of hepatitis B virus at different biological scales, Journal of Virology, 2015, 第 7 作者
(14) Extremely high genetic diversity in a single tumor points to prevalence of non-Darwinian cell evolution, Proc Natl Acad Sci U S A, 2015, 通讯作者
(15) Dynamic methylation during normal development, aging, and tumorigenesis, BioMed research international, 2014, 通讯作者
(16) Deciphering the heterogeneity in DNA methylation patterns during stem cell differentiation and reprogramming, BMC genomics, 2014, 通讯作者
(17) The dynamics of DNA methylation fidelity during mouse embryonic stem cell self-renewal and differentiation, Genome research, 2014, 通讯作者
(18) Transcriptional profiling of mammary gland in Holstein cows with extremely different milk protein and fat percentage using RNA sequencing, BMC Genomics, 2014, 第 8 作者
(19) The Evolution of Small Insertions and Deletions in the Coding Genes of Drosophila melanogaster, Molecular Biology and Evolution, 2013, 第 9 作者
(20) The evolution of evolvability in microRNA target sites in vertebrates, Genome Research, 2013, 第 5 作者
(21) RecQL4 Helicase Amplification Is Involved in Human Breast Tumorigenesis, Plos One, 2013, 第 6 作者
(22) Identification of medium-sized genomic deletions with low coverage, mate-paired restricted tags, BMC Genomics, 2013, 第 10 作者
(23) Monitoring Hip and Elbow Dysplasia Achieved Modest Genetic Improvement of 74 Dog Breeds over 40 Years in USA, PLoS One, 2013, 第 1 作者
(24) Pseudo-Sanger sequencing: massively parallel production of long and near error-free reads using NGS technology., BMC Genomics, 2013, 通讯作者
(25) Sex, sex chromosome and gene expression., BMC Biology, 2011, 第 1 作者
(26) Rapid growth of a hepatocellular carcinoma and the driving mutations revealed by a cell-population genetic analysis of whole-genome data, PNAS, 2011, 第 1 作者
(27) Genome-wide misexpression of X-linked vs.autosomal genes associated with hybrid male sterility, Genome Research, 2010, 第 1 作者
(28) Faster evolution of Z-linked duplicate genes in chicken, Journal of Genetics and Genomics, 2010, 通讯作者
发表著作
   

科研活动

   
科研项目
( 1 ) 结合人工诱变和全基因组测序建立复杂性状新型研究模型, 主持, 国家级, 2011-01--2013-12
( 2 ) 肿瘤的个体化RNA干扰治疗, 参与, 国家级, 2012-01--2015-12
( 3 ) 细胞群体的适应性进化规律和进化关键基因的识别, 主持, 国家级, 2012-01--2015-12
( 4 ) 在模式系统中研究复杂性状演化和稳定性的网络调控, 主持, 部委级, 2014-06--2019-05
( 5 ) 肿瘤生长、迁移及其进化驱动力的群体基因组学解析, 主持, 国家级, 2016-01--2018-12
( 6 ) DNA甲基化对高原适应的调控作用, 主持, 部委级, 2017-05--2018-06
( 7 ) 肿瘤细胞群体适应性权衡的生态进化机制, 主持, 国家级, 2018-01--2021-12
( 8 ) 2017年度基因组学、干细胞、组织再生学术研讨会, 主持, 国家级, 2017-08--2017-12
参与会议
(1)Rapid generation of copy number variation may lead to very high mutation load in cancer cell population   2017-08-28
(2)Evolution of cancer cell populations   吕雪梅   2016-04-25
(3)肿瘤内部和之间异质性的演化及其医学意义   2016肿瘤异质性学术研讨会   凌少平、杨芳、杨祖玉、吕雪梅、吴仲义   2016-04-22
(4)细胞分化过程中DNA 甲基化的变异度和保真性的时空动态变化   2015中国遗传学学会大会   赵磊、吕雪梅、谢荷煌等   2015-08-14
(5)Genetic diversity and evolutionary forces within and between tumors    第十二届国际生物信息学论坛(IBW2015)   吕雪梅   2015-07-09
(6)Genetic diversity and evolutionary forces within and between HCC tumors   Xuemei Lu   2015-01-13
(7)r- and K-selection revisited with free-living mammalian cells   Jialin Liu, Tao Li, Yuezheng Zhang   2014-10-08

合作情况

   

指导学生

已指导学生

刘珍珍  硕士研究生  085238-生物工程  

戚甫荣  硕士研究生  085211-计算机技术  

张翠云  硕士研究生  071021-生物信息学  

任通  硕士研究生  0710Z1-基因组学  

邓强  硕士研究生  085211-计算机技术  

吴欣  硕士研究生  085238-生物工程  

李雪凝  硕士研究生  085238-生物工程  

现指导学生

李涛  博士研究生  0710Z1-基因组学  

李亚威  博士研究生  071007-遗传学  

罗燕婷  博士研究生  0710J3-生物信息学  

戚甫荣  博士研究生  0710Z1-基因组学  

窦延良  硕士研究生  0710Z1-基因组学  

胡振宇  硕士研究生  0710Z1-基因组学  

殷利夺  博士研究生  0710Z1-基因组学  

魏昀旸  硕士研究生  0710Z1-基因组学  

夏瑞燕  硕士研究生  0710Z1-基因组学  

钱雨   博士研究生  0710Z1-基因组学  

冯璥  博士研究生  0710Z1-基因组学